笔迹查重是通过对文本中的笔迹特征进行比对和分析，判断文档的真伪及抄袭程度。而中国知网查重则是基于互联网文献数据库，对文本进行查重比对。笔迹查重主要应用于法医、司法等领域，而中国知网查重则主要用于学术领域。笔迹查重更注重对笔迹特征的识别和分析，而中国知网查重更注重文本内容的相似度比对。

另外，笔迹查重技术较为复杂，需要专业设备和技术支持，而中国知网查重则更侧重于文本相似度的计算和比对。在实际应用中，笔迹查重通常用于判断文书真伪，中国知网查重则用于学术论文查重。总的来说，笔迹查重更注重对笔迹特征的识别和分析，而中国知网查重更注重文本内容的相似度比对。